Deu início à sua carreira de ator aos 9 anos na televisão no programa Bombom Show, de Nonato Freire. Com 13 ou 14 anos, estreia como ator principal na peça A Viagem de um Barquinho, com direção de Pety. Depois trabalhou em circo, e, junto às crianças de rua, apresentou peças em escolas, hospitais públicos e favelas de Salvador e do interior da Bahia. Aos 17 anos foi para o Rio de Janeiro e teve a sua formação como ator na Casa das Artes de Laranjeiras (CAL), onde conheceu Luiz Carlos Vasconcelos, ator e diretor do Grupo Piolim. Em seguida, foi para João Pessoa, onde aperfeiçoou sua arte circense com Luiz Carlos, e depois viajou o Brasil e o mundo acompanhando a peça O Vau da Sarapalha. Depois de muito trabalho, finalmente foi consagrado com o monólogo O Bispo, que conta a história do grande artista Artur Bibo do Rosário, rendendo-lhe vários prêmios e o convite para estrear no cinema no filme Cinema, Aspirinas e Urubus, com o qual ganhou muitos prêmios, inclusive no Festival de Cinema de Cannes. Hoje, com cerca de 15 longas-metragem rodados e várias participações em especias da televisão, João Miguel é um dos maiores nomes do cinema brasileiro.