Cada vez mais complacente com seu título de “Garoto mais forte do mundo”, Baki Hanma passa seus dias em uma névoa de tédio. Depois de finalmente resolver a rivalidade com seu pai demoníaco Yuujirou, Baki defende seu título na Kourakuen Underground Arena enquanto abafa os bocejos provocados pela facilidade com que derrota seus adversários. Os amigos e mentores de Baki também lutam contra essa nova estagnação pacífica, realizando grandes feitos de treinamento de força com pouco entusiasmo.
Logo, o Japão é abalado pela revelação de um experimento científico de longa gestação que resulta na clonagem bem-sucedida do lendário samurai Musashi Miyamoto. O famoso guerreiro adora testar sua força contra Baki e outros ícones da luta de Tóquio, mas luta para se assimilar à era moderna. Miyamoto se apega aos seus antigos ideais de honra e duelo até a morte, uma filosofia que entra em conflito com o presente mais tranquilo. Enquanto o espadachim ressuscitado tenta chegar ao topo desta sociedade desconhecida, eliminando os amigos de Baki, ele se encontra em rota de colisão com o adolescente vingativo. Baki abraça essa onda de excitação e enfrenta seu novo rival de frente.