GI Joe é um grupo de operações com capacidades especializadas, cujo número do código é Sigma 6. Eles lutam contra Cobra, uma organização criminal. O objetivo da Cobra é tomar o controle do mundo para destruí-lo completamente. Os Sigma 6 utilizam armas sofisticadas desenvolvidas exclusivamente para cada uma de suas missões, lutam contra Cobra a todo o momento e proporcionam uma solução rápida, apesar das situações críticas que em que sempre se encontram.