Quando King Kong caiu para sua morte trágica do Empire State Building, havia uma jovem cientista Dra. Lorna Jenkins que o clonou e o levou de volta à Ilha Kong para que ele pudesse finalmente ser protegido novamente do mundo.
Dezoito anos depois, seu neto Jason e seu amigo Tan trazem seu professor para a ilha para mostrar a ele o paraíso e, claro, Kong.
Mas seu professor Ramon De La Porta tem outros planos, ele rouba as Pedras Primordiais da ilha que controlam o equilíbrio da ilha e garantem que o deus aprisionado Chyros não escape.
Agora, para restaurar o equilíbrio da ilha, Jason, Tan, uma garota xamã chamada Lua e, claro, Kong devem viajar ao redor do mundo para recuperar as pedras e parar De La Porta de uma vez por todas.