A sexta temporada de Scrubs segue o sexto ano de J.D. no hospital Sacred Heart. J.D. está num relacionamento sério com a Dra. Kim Briggs (que está grávida com seu filho), e Turk & Carla viram pais também quando nasce Isabella Turk. Elliot planeja seu casamento com Keith Dudemeister, mesmo ainda gostando de J.D.