Na segunda temporada, os Autobots revividos e os Decepticons recém-chegados agora lutam pelo destino da Terra, graças ao conhecimento de que o AllSpark está em algum lugar do planeta, protegido por seu guardião. O conflito aumenta quando Starscream, acreditando que foi escolhido para um propósito mais elevado, faz sua própria tentativa de poder que coloca ambos os lados em risco. Portanto, cabe aos Autobots não apenas recuperar o AllSpark, mas escoltá-lo com segurança de volta a Cybertron.