A terceira e última temporada consiste na batalha final entre os Autobots e os Decepticons pelo AllSpark e Cybertron e o destino do planeta após as duas facções serem forçadas a se unir contra os Quintessons invasores. Mas, mesmo assim, o planeta está dividido em duas partes, com Autobots e Decepticons povoando cada um sua metade de Cybertron. As coisas se fecham no final da série, trazendo ambas as facções para enfrentar uma versão alternativa e mais tirânica de Megatron de outro universo com seu Exército Decepticon perfeito.