Inspirada na série de games Zone of the Enders. A história se passa 5 anos depois do filme ZOE: 2167 IDOLO, os eventos que são referenciados como "Deimos Affair". Quando James Links recebe um misterioso Orbital Frame chamado Dolores (aka ISIS), com instruções para entregá-lo para a Terra e não deixar ninguém capturá-lo. Durante a jornada, James tenta se reconectar com seus filhos, Leon e Noel, e também encontrar sua esposa (supostamente morta) Rachel.