A sétima temporada abre com a Scully procurando uma cura para reverter o declínio neurológico do Mulder, e acaba encontrando evidências assustadoras sobre extra-terrestres e seu papel na história humana. Além disso, resolvemos um mistério que aflita Mulder durante sua vida inteira: a verdade sobre a abdução de Samantha, sua irmã. E por último, os dois agentes finalmente admitem seus sentimentos um pelo outro.