Na cidade portuguesa de Póvoa do Varzim, no século XIX, o velho médico João Semana é substituído pelo jovem Daniel das Dornas, recém-formado em Medicina e filho do lugar. As tais pupilas do título são as jovens Margarida e Clara, que após a morte da mãe, Ressurreição, foram criadas pelo reitor Padre Antônio. Daniel e Margarida se apaixonam, bem como Clara e Pedro, irmão do médico.
As pupilas do senhor reitor foi uma telenovela brasileira produzida pela TV Record e exibida de março de 1970 a 1971. Foi escrita por Lauro César Muniz e dirigida por Dionísio Azevedo e Nilton Travesso, baseada no romance homônimo do escritor português Júlio Dinis, publicado em 1867.