Quando a sua casa nos esgotos é destruída pelos robots radicais do doutor Baxter Stockman, as quatro Tartarugas Ninja e o seu Mestre Splinter são forçados à subir à superfície de Manhattan em busca de um novo lar. Na cidade, conhecem aliados - April e Casey - como também inimigos - os Dragões Púrpura, Huno, os Foot Ninjas, e o mortífero Shredder, que se quer apoderar de uma espada mística para dominar o planeta. Ao longo de diversos confrontos com Shredder e os seus Foot Ninjas de Elite, as Tartarugas desvendam o segredo das suas origens e o passado atormentado do seu Mestre Splinter, até chegarem finalmente ao combate final com Shredder, em que só um dos lados vai sair vitorioso...