"Batman: Assault on Arkham" se baseia no universo criado nos vídeos games da série Arkham. A animação se passa exatamente dois anos antes dos acontecimentos do jogo Arkham Asylum. Na trama da animação, o Charada coloca suas mãos em um lista de possíveis nomes do Esquadrão Suicida, então Amanda Waller monta um novo grupo de condenados para recuperá-la em troca de anistia.