A era dos Samurais e Ninjas no Japão. Rikka Isurugi nasceu e foi criada em um clã ninja isolado da sociedade. Ela logo conhece Miya, uma garota com um poder misterioso, que deseja pedir a ajuda do clã para vingar a morte de seu pai pelas mãos do grupo de mercenários conhecido como Negoro-shu.