Blue Seed conta a história de uma garota chamada Momiji, que possui o poder de encontrar e enfrentar os Aragamis, plantas que se tornam monstros e querem dominar o Japão. Momiji tem sua habilidade porque ela possui sangue de aragami(ela possui uma semente azul(Blue Seed) que possui os poderes dos aragamis. Ela vem da família Kushinada, que na antiguidade tinha a função de proteger a terra japonesa. Mas com o avanço da tecnologia moderna, a natureza japonesa estava morrendo, então os aragamis que eram controlados pelas BlueSeed(sementes azuis), tentavam destruir as pessoas, tornando-as aragamis (monstros plantas). Então um grupo da policia especial, juntamente com Momiji e Kusanaghi (um homem que possui 7 sementes azuis em seu corpo, sendo meio aragami, ele possui poderes para destruir os aragamis maus), tentam destruir os aragamis que aparecem na cidade.