Brian Green nasceu em Van Nuys, em Los Angeles, Califórnia, filho de Joyce e George Green, que foi um artista musical country & western e frequentemente levava Brian para os shows, logo ele acabou se interessando pelo mundo da música. Brian tem dois meio-irmãos Keith e Lorelei. O seu nome do meio, "Austin", foi acrescentado para diferenciar-se de um outro actor quando entrou no Screen Actor's Guild como uma criança. Brian cresceu em North Hollywood, Califórnia, e estudou na North Hollywood High School, depois de estudar na Hamilton High School Academia de Música. Namora atualmente com Megan Fox que tem quase metade da sua idade. Brian namorou Tiffani Thiessen, em meados da década de 1990. Após o término do namoro, ele conheceu a atriz Vanessa Marcil, integrante do elenco de Beverly Hills, 90210. O casal teve um filho chamado, Kassius Lijah Marcil-Green, que nasceu em 30 de março de 2002. Em 2004, Brian iniciou um relacionamento com a atriz Megan Fox, eles chegaram a terminar no começo de 2009, mas reataram o namoro, e casaram-se no dia 24 de junho de 2010, numa cerimônia privada realizada no Havai.

Seu segundo filho, Noah Shannon Green nasceu no dia 27 de setembro de 2012. Noah Green é o primeiro filho do ator com sua esposa Megan Fox.