Noo, fonte de todo o mal do universo e que acreditava-se estar aprisionado desde o inicio dos tempos, parece estar de volta a ativa. Daiba Tadashi é um jovem que ao chegar em casa descobre que seu pai, professor Daiba, foi assassinado por Noo; e por seguinte ele mesmo seria morto, mas é salvo nos ultimos instantes pelo infame capitão Harlock. Harlock parte a seguir com o objetivo de encontrar a Arcadia, libertar sua tripulação cativa e eliminar Noo. Mas antes de fazer isto, Harlock faz a Tadashi uma oferta: "Se você quiser realmente se tornar um homem, você embarcará em minha nave".
Capitão Harlock, personagem mais famoso de Matsumoto Leiji, retorna a tela em uma aventura épica e com uma leva queda para o terror já que os antagonistas desta série se apresentam como entidades sobrenaturais. Aliás, Harlock é o tipo de personagem estóico que você não vê muito em animes atuais, pois os produtores parecem estar mais preocupados em fazer personagens principais mais "humanos". Harlock é pefeitamente tranquilo e sem medo, vivendo a base de seus principios, valente perante uma maré de sofrimento e capaz de subjugar o destino a sua frente. Enfim, um personagem de uma era romântica, em que o herói velejava pelo universo com um remendo no olho, uma arma na mão e um sorriso de superioridade.
A arte e animação possuem uma boa combinação entre o velho e o novo, misturando o jeito clássico de ser de Matsumoto com gráficos feitos na era dos computadores. Madhouse quase não economizou despesas. E digo "quase" porque eventualmente existe alguma queda na qualidade da animação.