Naegi Makoto está sob suspeita de traição após ter protegido um "Remanescente do Desespero". A Fundação do Futuro, criada para salvar o mundo do caos causado pelo evento que ficou conhecido por "Maior e Pior Incidente Desesperador da História Humana", está reunida para decidir como punir Naegi Makoto e, então, seus membros são capturados por Monokuma.

PS.: Danganronpa 3 é dividido em dois arcos: O arco do futuro e do desespero, ambos com 12 episódios cada, mostrando momentos diferentes da história. Eles se completam e correlacionam entre si. Altamente recomendável assistir ambos para compreender a história.