A trama de Yami no Matsuei tem como personagem principal Tsuzuki Asato, um jovem e experiente membro de uma agência sobrenatural, onde eles têm o dever de solucionar casos de mortes que estejam ligados ao sobrenatural (mortes que não ocorreram de forma natural).

Depois de um bom tempo sozinho, Asato ganha um companheiro de trabalho, Kurosaki Hisoka. Há muita briga entre a dupla, pois Hisoka é um tanto quanto mal-humorado com Asato por estar em uma posição superior a dele e achá-lo um desastrado, mas, com o tempo, Asato acaba "gostando" do companheiro. Este pequeno escritório é comadado por Enma, o atual imperador do submundo.

Os casos que Asato geralmente tem de resolver são de muito sofrimento, até mesmo a morte dos personagens não é muito agradável. O interessante é que sempre é colocado em foco casos de sentimentos profundos.