Eden se passa em um futuro muito distante, mais precisamente na cidade de Eden 3, habitada exclusivamente por robôs com inteligência artificial, cujos mestres ancestrais desapareceram há muito tempo. A maioria dos autômatos acredita que seus criadores – os humanos – nada mais são do que mitos, nunca tendo existido de fato. Tudo muda quando, durante uma missão de rotina, dois robôs agrícolas tropeçam em uma cápsula criogênica contendo uma garotinha humana. A princípio sem saber o que fazer, eles decidem criar secretamente a menina em um porto seguro afastado da cidade. Mas esse mundo distópico não está pronto para a reintegração humana. E a presença da pequena Sara pode colocar em risco a vida de seus novos cuidadores, que precisam enfrentar o temível Zero e seu exército.