Fate/stay night segue três rotas: a original (Fate/stay night), a Unlimited Blade Works e a Heaven's feel.
A protagonista desta vez é a Matou Sakura. A história original muda quando Shirou decide patrulhar com Saber pela cidade para evitar que mais pessoas morram. Novos personagens entram na história, como Matou Zouken, avô de Shinji, o verdadeiro servo Assassin e Alter Saber. Nesta história todo o passado da Sakura mostrado em Fate/Zero é revelado ao Shirou. Sakura se corrompe e começa a se tornar uma ameça para o mundo inteiro, Shirou então é obrigado a fazer uma escolha, salvar a pessoa que ama e desistir de seus sonhos ou seguir com eles e acabar com a única pessoa que ele se importa.