Em um futuro distante, a humanidade encontrou uma maneira de viver para sempre comprando corpos mecânicos, mas esse caminho para a imortalidade é extraordinariamente caro. Um menino pobre, Tetsurou Hoshino, deseja comprar um passe no Galaxy Express 999 - um trem que viaja pelo universo - porque dizem que no final da linha, quem está a bordo pode obter um corpo mecânico de graça. Quando a mãe de Tetsurou é morta a tiros pelo vilão híbrido de homem-máquina Conde Mecha, no entanto, tudo parece perdido.

Tetsurou é então salvo da morte certa pelo misterioso Maetel, uma mulher alta com cabelos loiros e uma notável semelhança com sua mãe. Ela lhe dá um passe para o Galaxy Express sob uma condição: que eles viajem juntos. Assim, Tetsurou começa sua jornada pelo universo para muitos planetas únicos e aventuras emocionantes, na esperança de conseguir o que ele mais deseja.

Episódios: 113
Duração média: 25 min
Estudio: Toei Animation