Na trama, que se inicia no Japão feudal, após um incêndio florestal, as gêmeas meio-youkai Towa e Setsuna acabam se separando. Em busca de sua irmã, Towa acaba entrando num misterioso túnel que a leva para o Japão moderno, onde ela é criada por Sota, irmão de Kagome Higurashi. Dez anos depois, o túnel que conecta as duas eras se reabre, permitindo que Towa reencontre sua irmã, que tornou-se uma caçadora de youkai a serviço de Kohaku. Para espanto de Towa, Setsuna parece ter se esquecido completamente ela. Junto de Moroha, filha de Inuyasha e Kagome, as três jovens viajam pelas eras numa aventura para reaver seu passado perdido.