A história de Kuusen Madoushi Kouhosei no Kyoukan se passa em um mundo onde a humanidade passou a viver em cidades flutuantes devido a ameaça de temíveis insetos. O protagonista, Kanata Age, vive na cidade flutuante Misutogan que serve como uma academia onde seus alunos aprendem magia, para que assim possam enfrentar as temíveis criaturas que vivem na terra.

Kanata, um poderoso guerreiro que perdeu seu prestigio após ser taxado de traidor, é colocado para liderar o pior time da cidade, que é formado por 3 garotas de comportamento peculiar, Whitale Misora, Eisenach Lecty e Flamel Rico, que já acumulam 10 derrotas consecutivas nos combates.