Macross Delta situa-se no ano 2067, 8 anos após os acontecimentos da última série de TV Macross, Macross Frontier. A história centra-se em Walküre, uma equipe de ídolos talentosos e o esqudrão Delta, uma equipe de pilotos experientes Valkyrie, enquanto lutam contra a Síndrome de Var, um fenômeno misterioso que está consumindo a galáxia e também há a misteriosa equipe do lutador aérea cavaleiros Valkyrie de o Reino de vento.