A história acompanha uma garota que mora na beira de um sistema de túneis chamado ''Abyss''. O sonho dela é se tornar uma aventureira como sua mãe e explorar o local, cheio de relíquias misteriosas desconhecidas por humanos. Um dia ela começa a explorar o local e acha um garoto robô.

Continuação: Made in Abyss: Dawn of the Deep Soul