Marc Anthony nasceu sob o nome de Marco Antonio Muñiz Ruiz na cidade de Nova York, filho de Guillermina, uma dona-de-casa e de Felipe Muñiz, músico e trabalhador no refeitório de um hospital. Os seus pais são de origem porto-riquenha. Tem uma irmã chamada Yolanda Muñiz.

Tem uma filha, Ariana, nascida em 1994, com a ex-namorada a policial Debbie Rosado.

Ele se casou em 9 de maio de 2000 Miss Universo Dayanara Torres em Las Vegas. Eles renovaram os votos em uma grande cerimônia em dezembro de 2002. O casal teve dois filhos, Christian Marcus Muñiz, nascido em 5 de fevereiro de 2001 e Ryan Adrian Muñiz nascido em 16 de agosto de 2003. O casal se separou em outubro de 2003 e em janeiro de 2004 ela entrou com o pedido de divórcio. O divórcio foi finalizado em 1º de junho de 2004.

Apenas quatro dias depois de seu divórcio, Marc casou com a cantora e atriz Jennifer Lopez, com quem teve os filhos mais novos, os gêmeos Emme Maribel Muñiz e Maximillian David Muñiz, nascidos em 22 de fevereiro de 2008.