Meu Pequeno Pônei contava a história de adoráveis pôneis mágicos que tinham sua existência no Vale dos Sonhos (Dream Valley) ameaçada por perversos vilões. Estes pôneis, metade pégassus, metade unicórnios, apareciam nas mais variadas cores concebíveis, sempre mantendo um tom pastel. Eles tinham longas crinas e pequenas figuras em seus dorsos que indicavam seus nomes ou personalidades.

Vivendo e aprendendo com eles na Poneilândia (Ponyland) estavam: os irmãos Megan, Danny e Molly; o valente bebê dragão rosa, Spike; o feiticeiro Moochick e seu fiel coelho Bushwoolies; e os Grundles. Canções eram cantadas e novos amigos eram feitos sempre que os pôneis e seus aliados defendiam seu lar feliz de feiticeiros, trolls e coisas do tipo. A bem da verdade, essas ameaças nunca eram tão ameaçadoras, e algumas vezes até os vilões aprendiam uma lição.