Quase 300 anos após os eventos de "Planeta dos Macacos - A Guerra", civilizações de macacos emergiram do oásis para o qual César conduziu seus companheiros macacos, enquanto os humanos regrediram a um estado selvagem e primitivo. Quando o líder dos macacos, Proximus Caesar, perverte os ensinamentos de César para escravizar outros clãs em busca de vestígios de tecnologias humanas, Noa, um chimpanzé comum, embarca numa viagem angustiante ao lado de uma jovem humana chamado Nova para determinar o futuro tanto dos macacos como dos humanos.