Ash e seus amigos estão visitando a ilha Shamouti, o centro da cultura das Ilhas Laranja. Nesta época, ocorre o festival anual em honra do "escolhido", cujas lendas dizem que salvará o mundo quando a canção de Lugia não for suficiente para acalmar os pássaros lendários. Durante o festival surge Lawrence, o "Colecionador Pokémon", cujo objetivo é capturar os pássaros lendários e obter o Pokémon mais valioso, Lugia. Os pássaros lendários conseguem escapar, mas estão fora de controle, causando uma enorme destruição e alterando drasticamente o planeta. Neste exato momento surge Lugia, o guardião dos mares! Lugia será capaz de acalmar a ira dos pássaros lendários? O destino do mundo estará nas mãos do "escolhido"?