Um menino chamado Sosuke resgata um peixinho do mar e o chama de Ponyo, a partir daí os dois embarcam numa aventura fantástica, uma jornada onde eles encontram amizade e sabedoria. Mas o pai de Ponyo, um poderoso feiticeiro, a força a voltar para a sua casa no mar. No entanto Ponyo deseja se tornar humano, e esse desejo pode desequilibrar a própria mãe natureza. Será que Ponyo realizará o seu sonho?