Começando com o telefonema para a emergência e investigação liderada pelo detetive Steve Thomas (Bailey), ‘Who Killed JonBenét?’ mergulha em o que aconteceu no dia depois do natal em 1996, quando JonBenét (Payton Lepinski) foi encontrada espancada e estrangulada no porão da família. Com a a dição de informações que surgiram recentemente, o filme tem uma visão nova sobre os eventos e as teorias conflitantes sobre o assassinato.