Num panorama desértico, onde a pouca água que resta está contaminada, existe um lugar conhecido como Last Land, governada por um tirano que escraviza o povo em troca de um pouco de água potável.

Um grupo de moradores de uma humilde vila consegue achar uma fonte de água pura, mas são massacrados pelos homens do exército da Last Land que não admite perder o controle.

Eis que surge Kenshiro, para defender o povo escravizado, e então começa uma guerra.

Pode se dizer que Shin Hokuto no Ken é a continuação direta de Hokuto no Ken 2.