A história se passa no ano de 2000 . CRISIS, um supercomputador desenvolvido pela Stars Alchemy (uma rede global de jovens gênios que nasceram na década de 1980), prevê em torno de 1996-1997 que a Terra seria aniquilada por algo conhecido como "Entidade que traz Destruição Radical ". Tecnologia desenvolvida pela Star Alchemy é usada para formar uma organização internacional de defesa conhecido como Globalcentric Universal Alliance contra a Destruição Radical (GUARD). Isto é feito secretamente, de modo a evitar o pânico em todo o mundo. Os Guardas Interceptores de Expansão ( XIG) é o braço de combate do GUARD, operando em um céu fortaleza flutuante conhecida como Base Aérea.

O jovem de 20 anos de idade, Gamu Takayama, um cientista e membro do Stars Alchemy encontra brevemente Gaia durante algumas experiências de realidade virtual que ele realiza com o propósito secreto de descobrir a vontade da Terra, depois da fusão com ele , a fim de lutar contra vários monstros que ameaçam a segurança da Terra . Durante suas batalhas , ele encontra Ultraman Agul , cuja forma humana é Hiroya Fujimya , ex-membro da Stars Alchemt. Ambos se confrontam por causa de seus ideais em matéria de proteção da Terra, mas eventualmente, resolvem suas diferenças para combater seu inimigo comum.