Viaje a Tombuctú conta a história de amor entre Ana (Andrea Patriau) e Lucho (Jair García) durante os convulsos anos oitenta no Peru. A sua passagem da infância à adolescência acontece em paralelo com as mudanças sofridas no seu país durante essa década de violência, pobreza extrema e falta de oportunidades. Para eles, a única maneira de sobreviver a tudo isto é através do amor, uma espécie de refúgio que tem como pátria um país imaginário chamado Tombuctú. No entanto, a realidade que os rodeia vai tentar interpor-se para desmoronar a sua utopia.