Watari é o conto de um jovem menino ninja no Japão feudal, e parece ser um filme de aventura infantil, embora o enredo seja surpreendentemente complicado (intrigas e leis internas dos ninjas) e uma quantidade considerável de sangue e morte, algo raro nesse tipo de filme.
O filme foi baseado em um mangá, mas como comentado, a história é complicada para um filme infantil.
Anos anos atrás, na vila ninja de Iga, a facção liderada por Sandayu Momochi (Asao Uchida) e a facção liderada por Nagato Fujibayashi (Tetsuro Sagawa) disputavam uma posição superior. Ninjas de nível inferior chamados Genin foram tratados muito mal durante esse tempo, governados pela "lei" ninja de que ninguém sabe seu conteúdo.