O Professor Ichikawa (Sho Aikawa), por vezes conhecido como Zebraman, acorda 15 anos mais tarde, em 2025. A megalópole conhecida como Tokyo foi renomeada como Zebra City. A cidade está praticamente livre do crime pela implantação do Zebra Time. Toda manhã e tarde, durante 5 minutos, acontece o "Zebra Time", onde é permitido que a Zebra Police mate qualquer 'criminoso'.
Ichikawa sofre um ataque da Zebra Police, mas é salvo por Ichiba (Naoki Tanaka), e levado para um lugar seguro conhecido como a "White Horse House". Encontram-se no local sobreviventes do "Zebra Time", onde além de se recuperarem, arquitetam planos para derrubar o atual governador que implementou o Zebra Time.
Sobretudo, Ichikawa perdeu sua memória e não consegue lembrar do seu passado como Zebraman...