Quando a Liga da Justiça desaparece e os vilões invadem Metrópolis, há apenas uma equipe que pode resolver esse mistério: Scooby-Doo e sua turma Mas espere, há um novo cachorro na cidade, Krypto – o supercão do Superman. A Mistérios S/A precisará de toda a ajuda possível quando fantasmas ameaçarem a sede da Liga da Justiça. E Lex Luthor finalmente se endireitou? Ou ele está em conluio com o Coringa e a Arlequina? Os super-vilões podem ter entrado em conflito com o Superman antes, mas agora eles estão enfrentando algo novo: uma gangue de garotos intrometidos!